Erzurum'un Şenkaya ilçesinin Çatalelma köyünde doğan Prof. Dr. Fikrettin Şahin, İlkokulu Çatalelma köyünde, ortaokulu Kars'ın Sarıkamış ilçesinde okudu. Ankara'nın Keçiören ilçesinde liseyi bitirdi. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bitki Koruma bölümünde de lisans eğitimini tamamladı.

Askerlik sonrası aynı fakültede araştırma görevlisi olan Şahin, 1994 yılında ABD'nin Ohio eyaletinde bulunan The Ohio State Üniversitesi'nde yüksek lisans ve doktora çalışmalarını gerçekleştirdi. 1997 senesinde Kanada'daki The Western Ontario Üniversitesi'nde doktora sonrası çalışma yaptı. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi'nde yardımcı doçent olarak göreve başladı. 2005 yılında Profesör ünvanını aldı. Aynı yıl İstanbul Yeditepe Üniversitesi'ne geçiş yaptı. Yeditepe Üniversitesi'nin Genetik ve Biyomühendislik Bölümü Başkanlığı ve Biyoteknoloji Enstitüsü Müdürü.

Prof. Dr. Fikrettin Şahin, evli ve dört çocuk babasıdır.