Anadolu Selçuklu Alâeddin Keykubat'ın Erzurum ve çevresini ele geçirerek, devletin güvenliğini sağlamak istemesindeki en önemli sebep, doğudan gelen Moğol saldırılarına karşı koyabilmekti.

Bu maksatla, bölgedeki önemli kaleler tahkim ettirildi. Yine aynı güvenlik gayeleri ile, Moğolların önünden kaçan Türkmen boyları bölgede iskan ettirildi.

Moğollar, Gürcüler tarafından da kışkırtılmaktaydılar. İlk Moğol saldırısı 1231 yılında Cengiz Han'ın oğlu Oktay Han'ın komutanlarından Cormagon Noyan tarafından yapıldı. Anadolu Selçukluları ve Moğollar arasındaki barış görüşmeleri sonuç vermedi.1237'de Alâeddin Keykubat öldü ve yerine oğlu Gıyaseddin Keyhüsrev geçti.

Bölgedeki Ermeni ve Rumların kışkırtmaları sonucunda Moğollar, 1242'de Baycu Noyan'ın komutasındaki bir ordu ile Erzurum'u kuşattılar. Sinaneddin Yakut komutasındaki kale muhafızlarının gayretli direnişe rağmen, Erzurum kalesi Moğolların eline geçti. Moğollar şehri yağmalayarak Erzurum halkının büyük bir bölümünü kılıçtan geçirdi.

Erzurum'un düşmesi, Anadolu Selçuklu Devleti için büyük büyük bir yıkım oldu. Akabinde 1243'de Anadolu Selçuklu Sultanı Gıyaseddin Keyhüsrev, Kösedağ Savaşında Moğollara yenilince, 1244'de yapılan bir anlaşma ile bölgedeki Moğol egemenliği kabul edildi. Erzurum'un düşmesi, Moğol akıncılarının önemli bir engelle karşılaşmadan Anadolu içlerine akınlar düzenlemelerini kolaylaştırdı. Bu saldırılar, başta Erzurum olmak üzere, Anadolu'nun birçok şehrinin Moğollar tarafından yağmalanmasına ve bu şehirlerde yaşayanların, uzun yıllar huzur ve sükûttan uzak kalmalarına yol açtı.

Bu sıralarda Moğollar, İran'da İlhanlı Devletini kurmuşlardı. 1244 yılında yapılan antlaşma ile Anadolu Selçuklu Devletinin yıkıldığı 1308 yılına kadar Erzurum, Selçuklu soyundan gelen kişiler tarafından yönetildi. Bu tarihten sonra da İlhanlı Devletinin bir eyaleti durumuna girdi.

İlhanlılar Döneminde Erzurum

Erzurum'un tam olarak İlhanlı hâkimiyeti altına girmesi, Gazan Mahmut Han zamanında (1304-1317); rastlar. Gazan Han'dan sonra başa geçen Olcaytu Han zamanında, Erzurum şehri büyük ölçüde imar edilmiştir.Bu döneminde bir çok tarihi eser inşa ettirildi.Olcaytu Han'dan sonra başa geçen Ebu Said Bahadır Han zamanında, Erzurum'un yönetimi Sultanın veziri Emir Çoban'ın oğlu Timurtaş'a verildi.

Emir Çobanla İlhanlı Sultanının arası bozulunca, Bahadır Han, İrencin Noyan adlı komutanını Erzurum üzerine gönderdi, bu durumdan korkan Timurtaş Mısır'a kaçtı. Erzurum'un yönetimi de sonradan Eretna Bey'e verildi. 50 yıl kadar Eretna Beyleri tarafından yönetilen Erzurum ve 1385 yılında Karakoyunlu Beyi Kara Mehmed'in eline geçti.

Karakoyunlular ve Akkoyunlular Döneminde Erzurum

Karakoyunlu egemenliği uzun sürmedi.1387'de, Timur Kara-Koyunlu egemenliğine son verdi. Erzurum'a vali olarak torunu Gıyaseddin Sagar'ı tayin etti. Bu sırada şehirde yönetime karşı başkaldırılar süregeldiğinden, Timur 1400'de tekrar Erzurum'a geldi. Yönetime karşı çıkan halkın bir kısmını kılıçtan geçirdi. Timur'un ölümünden sonra ( 1404);, Erzurum şehri, Karakoyunlular ve Akkoyunlular'la, Timur'un oğlu Şahruh arasındaki kanlı çarpışmalara sahne oldu. Bu dönemde şehir önemli ölçüde tahrip edildi.

Doğudan gelen istilacıların Anadolu'ya girişte karşılaştıkları en önemli askeri üs olma özelliğine sahip Erzurum'un, Anadolu tarihinin en kanlı ve kargaşalarla dolu bu yüzyılında birkaç kez daha yağmaya uğradığı, tahrip edildiği ve halkının kılıçtan geçirildiği bilinmektedir.

Bu saldırılar şu şekilde özetlenebilir

1421'de Timur'un oğlu Şahruh, Erzurum ve çevresini zapt etti ve kaleyi kuşattı, ancak şehri alamayarak geri döndü.

1434'de Karakoyunlularla olan mücadelelerinde Şahruh'u destekleyen Akkoyunlu Beyi Kara Yülük Osman, Erzurum'u kuşattı ve ele geçirdi.

1435'de bu kez Karakoyunlu hükümdarı İskender Bey'in eline geçti.

1458 ve 1466'da Akkoyunlu hükümdarı Uzun Hasan, Gürcistan seferi sırasında Erzurum'dan gitti, 1468 yılında ise şehre hakim oldu.

1473'deki Otlukbeli savaşında Osmanlı Padişahı Fatih Sultan Mehmet'e yenilen Akkoyunlular giderek güçlerini yitirdi. Uzun Hasan'ın ölümünden sonra ( 1478); şehrin yönetimi oğullarından Yakup'a geçti. Yakup'un ölümünden sonra ( 1490); çıkan taht kavgalarında şehir büyük tahribata uğradı.